Ljekarna Male braće posjeduje 17 apotekarskih rukopisa, koji se mogu podijeliti u tri vrste. To su u prvom redu zbirke recepata. Od njih osam, šest je čistih recepata, a dva su miješana s imenicima biljaka. Riječ je o rukopisima u kojima je zabilježeno oko 1700 recepata.
Kada se tome pribroji oko 300 onih koji su sačuvani na posebnim folijama, dolazi se do broja 2000 recepata, koje arhiv čuva. Od rukopisa je najstariji onaj s brojem 279 koji je nastao pred kraj 16. i u 17. stoljeću. Rukopis s brojem 280, koji je pripadao fra Ivanu Evanđelistu Lučiću, sadrži 130 recepata, a izložen je u staroj ljekarni. Zatim je tu zbirka rukopisa s imenicima biljaka. Koliko su oni značajni ilustrira podatak da su poslužili jezikoslovcu Bogoslavu Šuleku kada je 1879. pisao imenik bilja.
U 17 rukopisa ubraja se i njih 5 administrativnog karaktera, koji uglavnom donose imena onih kojima su se lijekovi izdavali na dug. Tu je i knjiga primitaka i izdataka ljekarne iz 1764. godine "Libro della spesa e della entrata di Spetzieria di S. Francesci di Ragusa del 1764". Rukopisi su pisani latinskim i talijanskim jezikom, a posebno je vrijedno da su franjevački ljekarnici kod naziva biljaka često dodavali njihove hrvatske nazive. Kada se uzme u obzir da ovi rukopisi obuhvaćaju razdoblje od kraja 16. do prvih desetljeća 19. stoljeća, može se zaključiti da su oni vrijedna riznica medicinske materije u Dubrovniku.
Fra Stipe Nosić
